Майклу необходимо сделать небольшой «подкоп» в камере. Но прежде, чем заняться этой работой, он должен быть уверен, что его сокамерник не выдаст его. Майкл решает провести тест на прочность. В это время два новых врага Майкла решают объединиться, чтобы устроить ему «темную». Ребекка продолжает свое расследование и все больше свидетельств указывает на невиновность Линкольна.

На балконе отеля, наводку на который он получил через сайт от Махоуни, прикинувшимся Сукре, Майкл видит Ти-Бэга. Но тут перед отелем Скофилд внезапно сталкивается с Белликом и Сукре, а так же замечает окружающих отель агентов. Майкл понимает, что его заманивают в какую-то ловушку. Однако, желание сдать Ти-Бэга властям сильнее инстинкта самосохранения и Майкл вместе с Сукре и Белликом выманивают Ти-Бэга из отеля и идут за ним по улице. За углом прячется Махоуни, но когда он собирается присоединится к преследованию Ти-Бэга, Майкла, Сукре и Беллика, на него внезапно набрасывается появившийся Линкольн. Они дерутся и Махоуни одерживает верх. Он приковывает наручниками Линкольна к трубе. Тем временем в США Пол Келлерман пытается совершить самоубийство, но пистолет даёт осечку. Над Сарой Танкреди продолжается суд. Сару обвиняют в помощи организации побега заключенных из Фокс Ривер. Если она признает свою вину, ей предстоит просидеть в тюрьме 12 лет. Ти-Бэг заманивает Бэллика, Сукре и Майкла в запертую комнату с трупом проститки, которую он убил по приказу Компании, и спустя пару минут за окнами раздаётся вой полицейской сирены. Ти-Бэг сбегает, Майкл и Сукре отправляются за ним. Беллика ловит полиция, обвиняет в убийстве девушки и отправляет в тюрьму. Майклу и Сукре удаётся поймать Ти-Бэга, но по дороге в машине, Ти-Бэг втыкает в Сукре отвертку и автомобиль переворачивается. Сукре увозит Скорая помощь, а Майкл убегает в лес по следу Ти-Бэга. В лесу в заброшенном доме между Майклом и Ти-Бэгом происходит схватка, Майкл удаётся победить и он убегает вместе с пятью миллионами в рюкзаке. Ти-Бэга хватает полиция. В деле Сары Танкреди происходит неожиданный поворот – в зал суда приходит Пол Келлерман и даёт показания, полностью оправдывающие как Сару, так и Линкольна. Майклу звонит Махоуни и требует 5 миллионов в обмен на Линкольна. Майклу предстоит принять непростое решение.

Благодаря показаниям Келлермана, с Сары и Линкольна сняты все обвинения. Отныне Линкольн свободный человек, никогда не нарушавший закон. Майкл в Панаме придумывает план и подставляет Махоуни, тот отправляется в тюрьму. Майкл выручает Линкольна из плена Махоуни, но по их следу отправляется Ким, уже приехавший лично в Панаму. Сукре сбегает из больницы, чтобы найти Беллика и узнать куда тот дел Марикруз. Но по дороге он теряет сознание и остаётся лежать на асфальте, истекая кровью. Майкл и Линкольн встречаются с прибывшей в Панаму Сарой и втроём вместе с пятью миллионами собираются уплыть подальше. Но в этот момент появляется Ким и рушит казавшийся таким возможным хэппи-энд всей истории. Сара застреливает Кима, рюкзак с пятью миллионами тонет в воде, со всех сторон слышится вой полицейских сирен. Линкольну удается бежать, а по следу Сары и Майкла отправляется полиция. Не имея другого выхода из ситуации, Майкл берет вину Сары на себя и отправляется в тюрьму. Линкольн приходит в полицейский участок и пытается найти Сару, но теряет её из виду на улице. За Сарой же отправляется по следу некий человек в черном. Майкла и Махоуни привозят в самую страшную тюрьму Панамы под названием Сона. Майкл идёт по коридорам жуткой Соны и видит на полу избитого до полусмерти Беллика. Тем временем в исследовательском центре штата Нью-Йорк представители Компании во врачебных халатах ведут разговор на тему того, что побег Майкла из Соны – это как раз то, что им и требуется. Майкл же шагает по полутемному помещению и уже начинает строить новый план побега из тюрьмы…

Новый сокамерник Майкла оказывается психически неуравновешенным типом. Раскрывать ему идею побега – гиблое дело. Даже ночью, когда все спят, подпиливать плитку за раковиной не получится, потому, как сокамерник не спит вообще. Пытаясь избавиться от нового соседа, Майкл занимается сбором компонентов для химического вещества под кодовым названием «Cute Poison», которое в самом названии хранит много информации. Ребекка обращается за помощью в поддержке её расследования, но ей не дают добро. Однако она знакомится с человеком, который готов участвовать в независимом расследовании. С каждым новым шагом, Ребекка понимает, что люди стоящие за убийством вице-президента «поработала на славу», чтобы скрыть правду.

Майкла готовят к переводу в другую тюрьму. Весь план находится под угрозой срыва. Но Майкл не теряет надежды. Сегодня он вылезает на крышу, чтобы определить время, за которое полиция приедет по вызову после того, как станет известно о возможном побеге. В это время Ребекка со своим новым коллегой приходит к выводу, что кассета с записью преступления Линкольна – фальшивка. Вот только для полной уверенности нужен оригинал записи. Но «люди в черном» (Келлерман и Хейл) уже постарались, чтобы ни одно доказательство не выплыло наружу.

Майкл создает строгую изоляцию, саботируя кондиционирование воздуха, чтобы выполнить свой план должным образом, и неумышленно вызывает бунт, который подвергает Сару в огромную неприятность. Тем временем, шантажировавшие Поупа, пытаются убить Линкольна.

В то время как бунт усиливается, Абруззи соединениет свои силы с Сукре. Майкл решает, действительно ли он хочет спасти жизнь доктора Тэнкреди.

Майкл узнает, что складское помещение, входящее в планы его побега, было преобразовано в комнату отдыха. Веронике и Нику угрожают, у Ника есть место, где они смогут быть в безопасности.

Снижение авторитета Абруцци ставит под риск весь план побега. Майкл пытается защитить новый «улов» Ти-Бага и попадает под шантаж Ти-Бага, который намерен все рассказать охране . Заключенные окапывают яму в кладовой.

Абруцци борется за возвращение его команды к ТР (Трудовым Работам). Он пытается убедить Майкла, чтобы тот рассказал Фальсоне, где находится Фибоначчи Агенты Келерман и Хейл получают некоторую профессиональную помощь, так как фице-президент не особо довольна прогрессом их действий.

К Майклу приезжает его жена, что удивляет каждого заключенного. Она приноси тякобы ему кредитную карточку, но на самом деле, это кое-что другое. Беллик понимает, что где-то уже видел жену Сколфилда. Майкл видит, что его золотые часы на руках одного из охранника. Он просит Изгоя вернуть их. В лесу Веронике, Л-Джею и Нику угрожает Квин.

Убежать сможет не каждый. От одного заключенного необходимо избавиться, так как за определенное время все не пролезут в дыру. Герои решают избавиться от Ти-Бага, но у него свой план. Но Абруцци решает помещать планам Ти-Бага, что заканчивается не совсем так, как надо – Аббруцци сам становится жертвой. Сукре получает хорошие новости от Мерикруз.

Абруцци немедленно отправляют в больницу. Келлерман убивает своего напарника, чтобы их общее дело не вылезло наружу. Майкл ищет путь, чтобы Линкольн оказался рядом в момент их побега.. ТР продлевают, отчего у заключенных есть время на побег.

Майкл и остальные заключенные после неудачного побега возвращаются по своим камерам, пытаясь не оставить следов от побега. Вероника и ник просят судью отложить день наказания Линкольна. Сара просит своего отца, чтобы тот седлал все возможное ради спасении Линкольна. Майкл пытается вмешаться и залезает в проводку электрического стула.

Линкольн в момент «казни» видит своего отца. Телефонный звонок от судьи останавливает наказание. Судья заказывает эксгумацию тела Стедмана. Майкл создает новый, более опасный, план побега.. Кое-что ставит новый план Майкла в опасную ситуацию.

Флешбек проливает свет на прошлое героев.

Линкольн обеспокоен психическим состоянием Майкла, который не может вспомнить часть схемы тюрьмы. Сукрэ скрывает дыру в комнате охранников. Начальник Поуп помещает Майкла в одиночку после того, как он отказался отвечать на вопрос об ожоге.

После неудачной попытки Майкла воссоздать пропавшую часть схемы, его помещают в психушку. Там он ищет помощь от своего бывшего сокамерника, психа Патошика. Ти-Бэг и Си-Ноут объединяются. Келлермана отстраняют от дела Бэрроуза. Сукрэ, его кузен и Линкольн придумывают как вытащить Майкла из психушки.

Майкл должен получить ключ от лазарета и просит помощи у старой знакомой. Линкольн узнает чем на самом деле занимался его отец. "Изгой" узнает о побеге.

Беллик узнает о дыре в комнате охранников. Уэстморленд хочет, чтобы побег произошел как можно быстрее. Майкл рассказывает Саре о побеге. Изгоя проверяют на преданность. Вероника узнает, что у Ника Сэврина неожиданно появляется связь с заключенным, отбывающим срок в Фокс Ривер.

Почти все из команды беглецов перелезают по проводу через стену. Ник отпускает Веронику. Агент Келлерман помогает вице-президенту успокоиться перед выборами.

Начальник Поуп и капитан Беллик начинают поиски беглецов. Майкл и Ко. бегут к самолету. Полиция наступает им на пятки. Вероника находит главное доказательство невиновности Линкольна. Вице-президент обеспокоена потерей авторитета.