Чем человек готов пожертвовать ради спасения своего брата? Своей жизнью, своим домом, своей судьбой. Майкл Скофилд идет грабить банк, ради того, чтобы его осудили и посадили в тюрьму. Только за решеткой он может помочь своему старшему брату, которого осудили на смертную казнь. Линкольна, брата Майкла, обвиняют в убийстве вице-президента, которого он не совершал. Доказательства его виновности были на лицо. Но слово, данное брату, стоит дороже всех улик. Майкл жертвует всем, чтобы вызволить брата из тюрьмы и спасти ему жизнь. Идея побега из тюрьмы строгого режима Фокс Ривер, да еще и из камеры смертника, может показаться сумасшедшей и невыполнимой. Но не для Майкла Скофилда. В его руках знание строительных планов и чертежей тюрьмы, а на его теле самая настоящая карта, зашифрованная в замысловатых татуировках.

Прошло 8 часов с момента побега. Майкл, Линкольн, Сукрэ и Абруцци пытаются сбежать от преследователей. Беллик вынужден отказаться от командования группой поиска. Ее будет возглавлять специальный агент ФБР Александр Махоуни, чей изобретательный подход сделает жизнь Майка тяжелее. Доктор Танкреди находится в тяжелом состоянии из-за передоза. Ти-Бэгу предстоит последнее испытание.

Мэхоуни пытается выманить беглецов с помощью Эл Джея. У Майкла и Линкольна есть план, как освободить его. Тем временем, изгой присоединяется к студентке колледжа, направляющейся на весенние каникулы.

Майкл и раненый Линкольн пытаются перехитрить Мэхоуни, напавшего на их след. К Беллику присоединяется старый знакомый, готовый помочь ему поймать беглецов. Сара удивлена внезапным визитом. Сукрэ и Си-Ноут идут на всё, чтобы встретиться с семьей, позабыв о том, что могут быть замечены властями.

Беллик с помощью Майкла, Линкольна и Ники пытается найти спрятанные 5 миллионов долларов. Ничего не подозревающая семья решает подвезти Ти-Бэга. Келлерман присматривает за Сарой, которая получает долгожданный звонок. После встречи с семьей, Абруцци решает отомстить Фибонначи.

Дела у Майкла и Линкольна идут не очень хорошо. Ти Бэг надеется, что память его не подведет. Си Ноут совершает поездку на поезде. Сукрэ едет в Лас-Вегас, чтобы остановить свадьбу Марикруз. Махоуни проявляет внезапный интерес к "мифу" о Ди Би Купере.

Махоуни заинтересован легендой о Ди Би Купере. Майкл и Линкольн осматривают дома в Юте. Сукрэ встречает знакомого. Ти Бэг показывает свою гостеприимность. Путешествие Психа вне тюрьмы продолжается.

Майкл, Сукрэ, Ти-Бэг и Си-Ноут борются за спрятанный клад. Линкольн рискует всем, чтобы попасть к Эл Джею. Келлерман изменяет свою точку зрения, когда за Сарой начинает охотиться Компания. Махоуни заставляет Изгоя сделать смертельный выбор.

У Майкла уже были все козыри на руках, когда Сукре подставляет приятеля и сбегает с недавно найденными 5 миллионами долларов. Махоуни озадачен Внутренними Делами, связанными со смертью Изгоя. Линкольн серьезно настроен найти Эл-Джея, но возможно он идёт прямо в ловушку. А Сара должна сражаться за свою жизнь, когда заговорщики пытаются пустить историю по второму кругу.

Для того, чтобы узнать больше о своем преследователе, Майкл пытается подружиться с женой Махоуни. Ти Бэг получает сюрприз. Эл Джей и Линкольн совершают поездку не из легких. Жена Си Ноута должна сделать выбор между дочерью и мужем.

Майкл встречается с Сарой. Махоуни и Келлерман пытаются их разлучить. Линкольн получает помощь от своего отца. Сукрэ пытается уговорить Марикруз бежать с ним.

Линкольн должен сказать "прощай" близкому человеку. Махоуни разгадывает главную часть головоломки. Майкл пытается обеспечить побег на самолете. Ти-Бэг мстит Беллику и Гэри.

С Махоуни на хвосте, Майкл, Линкольн и Алдо рванули к улетающему самолёту. Воссоединение Майкла с отцом проливает свет на его трудное детство. Женщины в жизнях Беллика и Келлермана заставляют своих мужчин раскаяться в своих грехах.

Беллика ждёт возвращение в Фокс Ривер, только уже в качестве заключённого. Майкла и Линкольна перевозят обратно, в прежнее место заключения, но по дороге туда, возникает непредвиденная ситуация. Самолёт Сукре сталкивается с большим количеством трудностей. ТиБэг находит свою давнюю знакомую.

Майкл, Линкольн и Келлерман объединяются для того, чтобы схватить Стэдмена. В семье Махоуни происходит несчастный случай. Беллик дает сдачи, когда один из заключенных пристает к нему. Жене Си-Ноута грозит тюрьма за помощь сбежавшему преступнику. Ти-Бэг решает, во что бы то ни стало, стать с Миссис Холлэндер и ее детьми одной семьей.

Линкольн и Майкл выступают на всю страну. Агент Махоуни в своём штабе пытается это послание расшифровать. Беллик приходит в себя в лазарете, пытается уговорить медсестру оставить его ещё на одну ночь в лазарете и не переводить в общий блок. Сукрэ едет в Икстапу за Мери Круз, но по дороге случаются проблемы, и он вынужден остаться в маленьком городке ночевать. У дедушки, у которого он ночует, он угоняет машину и мчит по шоссе, однако полиция не дремлет и машина с водителем возвращена дедушке. Заявление дедушки, о том, что он сам дал машину Сукрэ, но мол забыл денег на бензин дать ошеломило и полицию, и самого Сукре. Тем временем Махоуни понимает в чём суть самой записи братьев. Единственным человек, который смог ему помочь, оказывается..... Беллик. В это время Линкольн и Майкл достигают своей цели. Агент Келлерман скромно курит в сторонке, как вдруг раздаётся звонок. Хм, кто бы это мог быть? Конечно все уже догадались, звонит ни много, ни мало, президент США. Она просит сдать ей братьев, и по-хорошему забыть обо всём...

Красивая ухоженная женщина накладывает макияж… С особой тщательностью она вырисовывает на щеке не существующие царапины… Майкл во дворе Соны наблюдает за боем двух заключенных. Схватка заканчивается тем, что победитель ломает шею проигравшему. Толпа зрителей расходится и Майкл остаётся стоять один над трупом под проливным дожёдм… Линкольн пытается добиться в консульстве освобождения своего брата из заключения. Он узнает, что Сона – одна из самых страшных тюрьм в мире. Внутри неё нет охранников. Заключенные предоставлены сами себе. Единственная охрана – по периметру здания на расстоянии нескольких десятков метров от здания тюрьмы. Максимум, что Линкольну удается сделать – договорится о переводе Майкла в другую менее опасную тюрьму. Труп убитого во вчерашней схватке заключенного продолжает валяться в грязи во дворе Соны. Никому нет до него никакого дела. Беллик, весь избитый и в одних лишь трусах, с трудом передвигается во дворе тюрьмы в поисках еды или воды. Другие заключенные во всю издеваются над ним, заставляя, пить из грязной лужи. А чуть позже Беллика и его нового приятеля, такого же «отброса Соны», как и он сам, принуждают вычищать загаженные туалеты и сжигать отстой в одном из подвалов. Там Беллик знакомится с Уистлером – таинственным заключенным, который скрывается от всех в самом низу Соны за одной из стен. Он обещает дать Беллику еды в обмен на услугу. Майкла, Махоуни и ещё нескольких новых заключенных вызывают на встречу с Личеро – местным авторитетом. Именно он вершит правосудие в Соне. Давая сразу понять Майклу, кто здесь главный и что он в курсе того, что Майкл сбежал из Соны (видел по телевизору), Личеро недвусмысленно намекает, что вдвоём им в этой тюрьме будет тесно. Не долго думая, Личеро организовывает подставу – подкладывает Майклу наркотики другого заключенного, и по правилам Соны, для выяснения отношений Майкл должен встретиться с этим заключенным во дворе, чтобы драться без оружия до победного конца. Линкольну звонит Эл Джей, говорит, что он сейчас в Панаме и им нужно встретится в определенном ресторане. Линкольн приходит на встречу и там таинственная женщина с царапинами на лице (из начала серии) передаёт ему коммуникатор с видео-записью. Махоуни предлагает Майклу дружить, поскольку понимает, что Майкл – его единственный шанс выйти на свободу. Махоуни рассказывает Майклу как лучше начать вести бой во дворе, чтобы выиграть – быть со всех сил в колено противнику. В Сону привозят Ти-Бэга. Сразу схватывая, что в Соне к чему, и кто здесь босс, Ти-Бэг занимает место подле Личеро. Майкл приходит на бой во дворе. В толпе ему как бы ненароком в карман Беллик подкладывает записку. То же самое он делает второму участнику боя. Начинается бой. Сразу сделав то, что ему советовал Махоуни, Майкл ломает колено своему врагу и избивает его. Думая, что бой окончен, Майкл собирается уходить, но толпа не пускает его и Личеро объясняет Майклу, что из боя должен уйти живым только один, намекая таким образом, что как ни крути, но Майклу придется убить своего противника. Пока Майкл пытается сообразить, что ему делать, его противник находит нож, подброшенный ему из толпы и заносит его за спиной Скофилда. В этот момент из массы зрителей выбегает Махоуни и двумя приемами ломает шею противнику Майкла. На озадаченные взоры зрителей и Личеро, Махоуни объясняет, что ведь бой должен быть без оружия и он просто не хотел, чтобы были нарушены правила. Личеро в ярости покидает место событий. Приятель Беллика выламывая зарешеченное окно в Соне, пытается сбежать из тюрьмы, но на подходе к внешней ограде, его расстреливает со смотровой башни охрана Соны. Трупы вывозят из Соны и там их встречает местная девушка София, которая обыскивает их и находит в одном из карманов убитых записку, положенную туда Белликом по просьбе Уистлера. В это время Майкл наблюдает за ней и читает у себя ту же записку, что подложил ему Беллик перед боем: «Версаль 1989 Мадрид». Смысл записки остаётся неясным. На встречу с Майклом приходит Линкольн и объясняет брату, что его перевод в другую тюрьму отменяется, потому что Компании необходимо, чтобы Майкл сбежал из Соны и вытащил с собой некоего Уистлера. В подтверждении своих слов Линк показывает коммуникатор, на котором видео-запись: Эл Джей и Сара с завязанными глазами. ЭлДжей умоляет Майкла сделать то, о чем его просят, иначе ни Эл Джей, ни Сара не выживут. На то, чтобы найти в Соне Уистлера и совершить побег Майклу дают максимум неделю…

Серия начинается с происшествия: в стычке заключённые опрокинули бак с питьевой водой... и больше воды в ближайшее время не ожидается. Лечеро ничего не может сделать, поэтому толпа под предводительством самого недовольного начинает осаждать его "резиденцию". В то же время Беллик рассказывает Майклу про Уистлера. Скофилд спускается в подвал и находит там запертого узника. Он обещает вытащить Джеймса. Линкольн встречается с девушкой, работающей на Компанию, она диктует ему все правила и условия. Он должен ежедневно докладывать ей, как обстоят дела у Майкла. Сукре покупает у торговца пистолет и идёт на встречу с Белликом. Под угрозой смерти бывший охранник Фокс Ривер рассказывает о том, что не крал Мэрикруз, не прятал её, и что скорее всего она сейчас собирает виноград у себя в саду. Вооружившись ломом Махоуни находит Уистлера и "освобождает" его из его каменной темницы. В тоже время Беллик рассказывает Лечеро, что нашёл Уистлера и Лечеро посылает в канализацию своих людей. Проявив смекалку, Майкл понимает, что Беллик сдал Уистлера и также бежит в канализацию. Уистлер убегает, за ним несётся Махоуни, размахивая ломом, и за ними вся орава ребят Лечеро. Майкл же напротив бежит ко входу в канализацию - он явно что-то задумал. В банке (адрес которого был на бумажке в кармане убитого заключённого) девушка, представившись подругой Уистлера забирает книгу под названием "Птицы Северо-запада". На улице Линк отбирает ее. Майкл приходит к Лечеро с просьбой, однако тому не до этого. В его дом швыряют камни и бутылки. Майкл находит на улице паренька, любящего баскетболл и НБА, и просит его достать ему тряпки, полиэтиленовые пакеты и немного алгоколя. Тем временем Махоуни вытаскивает Уистлера наружу, и к нему спускается Лечеро. Майкл приводит в действие свой план, в результате чего происходит взрыв, и из большого крана посреди двора начинает бить поток воды, и все заключённые бегут скорее взять её про запас. Лечеро остаётся на вершине пантеона, оставляя Уистлера в живых. К Линкольну приходит девушка, работающая на Компанию, спрашивает, что же он забрал из мешочка? Линк отвечает, что это просто книга. Девушка, угрожая пистолетом, требует ее отдать. Линкольн отдаёт ее девушке, а когда она уходит, достаёт такую же книгу из другого кармана. Серия заканчивается сценой, в которой Уистлер спрашивает Скофилда, как же они отсюда собираются выбраться, а Майкл отвечает, что понятия не имеет.

Ребекка – юрист и хорошая подруга братьев, узнает о замысле Майкла. Теперь у неё возникают сомнения относительно виновности Линкольна. Она решает помочь ему и попытаться раскопать это дело, в котором замешаны люди готовые на все, лишь бы правда не выплыла наружу. Майкл приступает к следующему шагу в своем плане. Ему нужен болт, который, однако, может послужить холодным оружием на назревающих больших разборки между темнокожими и белыми. Кровопролития не избежать. Вот только чью сторону выберет Майкл. Так или иначе, появления новых врагов ему не избежать.

Тибег в доме мисс Холландер играет в милого папочку. Чарльз Патошик достраивает свой плот и готовится отплывать в Голландию. Бред Беллик становится офицером FBI(ФБР) и старательно репетирует своё первое предложение: "Офицер Бред Беллик. ФБР" "Специальный агент Бред Беллик" "Бред Беллик. ФБР" естесственно это заслуга Махоуни. Первое задание: Найти Чарльза Патошика. Беллик успешно с ним справляется и Псих оказывается в западне, недалеко от места, где он строил плот. В это время Майкл, Линкольн и Келлерман встречают Сару, и вместе отправляются в Чикаго, где предположительно находится то, что должно быть отперто золотистым ключиком Сары. Однако в это же время мы понимаем, что Келлерман ведёт их в ловушку в Чикаго, ведь туда вместе с братьями просит его приехать Каролина (президент).Си-Ноут вместе со своей дочкой попадают в неприятности, оказавшись в заложниках у бандита.

В офисе Махоуни узнают, что у дочки Си-Ноута проблемы с почками, поэтому и ловить его надо через клиники. Во все ближайшие, к месту последнего появления Си-Ноута, больницы разослали информацию о нём. Вскоре из одной из клиник поступила информация о Си-Ноуте. Агент Махоуни тут же выехал на место. Сара и Майкл засветились в клубе, в котором и есть ячейка, ключ от которой Сара сняла с трупа отца. К несчастью, они вынуждены были оттуда бежать, по причине приезда полиции. Помочь им может лишь 1 человек на свете - Генри Поуп. Сукре едет в Икстапу, но по дороге у него ломается машина. К счастью, он быстро нашёл попутчика, который оказался служителем аэропорта. Си-Ноут бежит из клиники, преследуемый агентом Махоуни. К конце концов, он вскакивает в автобус. Махоуни напоследок кричит, чтобы он не заставлял свою дочку расплачиваться за его грехи. Сукре встречает Мэри Круз, но они вынуждены бежать от охраны аэропорта. ТиБег привозит семью Холландер в свой родной дом. Там его посещают видения из детства. Он вынужден запереть свою "любимую" и детей в погребе, а сам раздумывает над своей жизнью. Майкл делает Поупу предложение, от которого тот не может отказаться, бывший начальник Фокс Ривер помогает достать им из ячейки содержимое, а Майкл в эту тюрьму возвращается. Сара, Майкл и Генри едут в сигарный клуб, а Линкольн и Пол дежурят на ближайшей к этому клубу крыше. Поуп без проблем заходит и берёт содержимое ячейки (флешка с записью разговора Стедмана), однако на выходе из клуба притормаживает машина, из которой выбирается Билл Ким. После короткого разговора, он приглашает Генри сесть в машину. Линкольн и Келлерман срываются с места и бегут вниз, в это время Майкл давит Кима своей машиной. Генри и Линкольн быстро запрыгивают в машину и Сара защёлкивает замок. Майкл уезжает, оставляя Келлермана слушать звук полицейских сирен. ТиБег раскаивается в своих поступках и вызывает службу спасения, чтобы те достали мисс Холландер и её детей из погреба. Генри отпускает Майкла и отдаёт им флешку. Си-Ноут сдаётся Махоуни в обмен на квалифицированное лечение дочери. Взамен он обещает Махоуни достать Скофилда...

В офис Махоуни приходит Беллек, который хочет получить вознаграждение. Махоуни говорит, что вознаграждение будет позже и предлагает ему поймать Сукрэ. Келлерман покупает снайперскую винтовку. Си Ноут оставляет сообщение на форуме europeangoldfinch.net. Линкольн звонит Эл Джею. С ним всё в порядке, он учится в школе под вымышленным именем. Линкольн звонит Джейн, девушке которая присматривает за Эл Джеем, и узнает номер бывшего заместителя генерального прокурора Купера Грина. Он всегда был союзником отца братьев. Братья решают отдать запись ему. Майкл звонит в офис Грина и говорит, что у него есть информация о сыновьях Алдо Бэрроуза. Секретарша соединяет Майкла с человеком Компании, который представляется Купером Грином. Майкл просит ЛжеКупера Грина надеть синий костюм с красным галстуком и встретиться с ним в парке. Сара приходит на могилу отца и встречает Брюса, которого подозревает в убийстве отца. Беллек в Фокс Ривер предлагает двоюродному брату Сукрэ сделку: за информацию о местонахождении Сукрэ Беллек с помощью связей переведет его в исправительную колонию общего режима в Каркаке, где заключеннным можно смотреть ТВ, играть в бильярд. Сукрэ с Мари Круз приезжают к тетушке Сукрэ. Ти Бэг приходит к психотерапевту, очень похожему внешне на него, рассказывает ему историю своей жизни и убивает. ЛжеКупер Грин приходит на встречу в парк. Рядом с ним звонит таксофон. Грин снимает трубку, Линкольн, наблюдающий за ним из окна гостиницы, говорит ему, чтобы он снял пиждак и побежал на другой конец парка к таксофону. Затем Линк просит ЛжеКупера залезть в фонтан и потом зайти в здание. Ким звонит Махоуни и говорит, что знает где братья и Франклин больше им не нужен. Махоуни разговаривает с Си Ноутом, просит воспользоваться тем, что будет лежать в пакете, который принесут в камеру. Если Си Ноут так не сделает, Махоуни испортит жизнь его жене и дочере. Сара и Брюс идут в офис, встречаются с настоящим Купером. Сара понимает, что человек, который сейчас с братьями не Купер Грин и звонит Линку. Линк бежит в помещение, где Майкл ждет ЛжеКупера Грина. Майкл проверяет этого человека и понимает, что это не Купер Грин. Ти Бэг под именем психотерапевта летит в Мексику. К Си Ноуту приходит его жена. Он просит ее говорить дочери каждый день, что любит ее, что она значит для него всё. Махоуни приезжает в парк, опрашивает ЛжеКупера, определяет место, откуда следил за всем Линк. Купер Грин изучает запись и говорит, что это копия и точную дату установить нельзя. С точки зрения закона эта запись бесполезна. Махоуни приходит в гостиницу и узнает у секретаря номер, в котором зарегистрировались братья. В пакете, который принесли Си Ноуту, оказывается веревка с петлей. Братья решают с помощью этой записи шанжировать президента Рейнольдс, т.к. в записи содержится доказательство вины Рейнольдс. Си Ноут встает на кровать, надевает петлю на шею и делает шаг вперед.

Махоуни вычисляет в каком отеле находятся браться с Сарой и практически хватает Сару, но той удается ускользнуть. Махоуни отправляет своих людей за ней следом. Ти-Бэг пытается вытащить из багажного отделения в аэропорту рюкзак с пятью миллионами. Тем временем в аэропорт по приказу Махоуни приезжает Беллик. Си-Ноут договаривается с ФБР и даёт показания против Махоуни в обмен на свою свободу. Линкольн через своего старого друга достаёт для них с Майклом билеты на грузовое судно до Панамы. Майкл даёт поймать себя людям президента и идёт с ней на переговоры. Перед этим его сильно избивает Ким. К Сукре с Марикруз в дом в Мексике приезжает Беллик и пока Сукре выходит из дома, Беллик прячет Марикруз в неизвестном месте, а затем хватает самого Сукре. Сукре сообщает Беллику о том, что он видел по телевизору репортаж про нападение Ти-Бэга в аэропорту и о том, что именно у Ти-Бэга находятся рюкзак с пятью миллионами. Беллик под угрозой расправы над Марикруз заставляет Сукре отправится с ним на поиски Ти-Бэга. Избитый Майкл сидит в наручниках перед Рейнольдс, в то время как Линкольн по телефону прокручивает ей запись с полученной ими флешки. Прослушав запись, Рейнольдс идёт на соглашение и обещает дать официальное помилование Линкольну, если братья не обнародуют запись. Майкла отпускают, а Рейнольдс получает угрозу от Компании, которая запрещает ей выносить помилование Линкольну. Оказавшись в трудной ситуации, Кэролайн принимает неординарное решение.

В аэропорту Мексики Ти-Бэг замечает преследующих его Сукре и Беллика. Ти-Бэгу удается ускользнуть, но его ловит полиция и по приказу Компании Ти-Бэг отправляется в Панаму. Сукре и Беллик следуют за ним. Майкл и Линкольн собираются уплыть на грузовом судне в Панаму. Сара направляется к ним, но замечает слежку, и, не желая ставить под удар братьев, остается на пристани и сдаётся в руки Махоуни. Майкл и Линкольн уплывают без неё. Махоуни пытается вычислить значение словосочетания Кристина Роуз на татуировке Майкла, которое подскажет ему, куда именно братья направляются в Панаму. Но Си-Ноут уже даёт показания против него и статус Махоуни в ФБР рушится. Ким предлагает Махоуни последний вариант спасения его карьеры и жизни – отправится в Панаму на поиски братьев и вовлечь их в новый план Компании, который на этот раз вовсе не предполагает убийство Берроуза и Скофилда. Махоуни разгадывает значение словосочетания Кристина Роуз и улетает в Панаму. Но перед этим он через сайт, зная способ связи с Майклом от Си-Ноута, связывается со Скофилдом и притворяясь Сукре, заставляет Майкла приехать в отель в столице Панамы, в котором уже поселился Ти-Бэг. Майкл поддаётся на уловку и оставляя Линкольна одного, бросается стремглав в отель с целью поймать Ти-Бэга и отдать его в руки властям и таким образом хотя бы частично очистить свою совесть.