Прошло 8 часов с момента побега. Майкл, Линкольн, Сукрэ и Абруцци пытаются сбежать от преследователей. Беллик вынужден отказаться от командования группой поиска. Ее будет возглавлять специальный агент ФБР Александр Махоуни, чей изобретательный подход сделает жизнь Майка тяжелее. Доктор Танкреди находится в тяжелом состоянии из-за передоза. Ти-Бэгу предстоит последнее испытание.

Мэхоуни пытается выманить беглецов с помощью Эл Джея. У Майкла и Линкольна есть план, как освободить его. Тем временем, изгой присоединяется к студентке колледжа, направляющейся на весенние каникулы.

Майкл и раненый Линкольн пытаются перехитрить Мэхоуни, напавшего на их след. К Беллику присоединяется старый знакомый, готовый помочь ему поймать беглецов. Сара удивлена внезапным визитом. Сукрэ и Си-Ноут идут на всё, чтобы встретиться с семьей, позабыв о том, что могут быть замечены властями.

Беллик с помощью Майкла, Линкольна и Ники пытается найти спрятанные 5 миллионов долларов. Ничего не подозревающая семья решает подвезти Ти-Бэга. Келлерман присматривает за Сарой, которая получает долгожданный звонок. После встречи с семьей, Абруцци решает отомстить Фибонначи.

Дела у Майкла и Линкольна идут не очень хорошо. Ти Бэг надеется, что память его не подведет. Си Ноут совершает поездку на поезде. Сукрэ едет в Лас-Вегас, чтобы остановить свадьбу Марикруз. Махоуни проявляет внезапный интерес к "мифу" о Ди Би Купере.

Махоуни заинтересован легендой о Ди Би Купере. Майкл и Линкольн осматривают дома в Юте. Сукрэ встречает знакомого. Ти Бэг показывает свою гостеприимность. Путешествие Психа вне тюрьмы продолжается.

Майкл, Сукрэ, Ти-Бэг и Си-Ноут борются за спрятанный клад. Линкольн рискует всем, чтобы попасть к Эл Джею. Келлерман изменяет свою точку зрения, когда за Сарой начинает охотиться Компания. Махоуни заставляет Изгоя сделать смертельный выбор.

У Майкла уже были все козыри на руках, когда Сукре подставляет приятеля и сбегает с недавно найденными 5 миллионами долларов. Махоуни озадачен Внутренними Делами, связанными со смертью Изгоя. Линкольн серьезно настроен найти Эл-Джея, но возможно он идёт прямо в ловушку. А Сара должна сражаться за свою жизнь, когда заговорщики пытаются пустить историю по второму кругу.

Для того, чтобы узнать больше о своем преследователе, Майкл пытается подружиться с женой Махоуни. Ти Бэг получает сюрприз. Эл Джей и Линкольн совершают поездку не из легких. Жена Си Ноута должна сделать выбор между дочерью и мужем.

Майкл встречается с Сарой. Махоуни и Келлерман пытаются их разлучить. Линкольн получает помощь от своего отца. Сукрэ пытается уговорить Марикруз бежать с ним.

Линкольн должен сказать "прощай" близкому человеку. Махоуни разгадывает главную часть головоломки. Майкл пытается обеспечить побег на самолете. Ти-Бэг мстит Беллику и Гэри.

С Махоуни на хвосте, Майкл, Линкольн и Алдо рванули к улетающему самолёту. Воссоединение Майкла с отцом проливает свет на его трудное детство. Женщины в жизнях Беллика и Келлермана заставляют своих мужчин раскаяться в своих грехах.

Беллика ждёт возвращение в Фокс Ривер, только уже в качестве заключённого. Майкла и Линкольна перевозят обратно, в прежнее место заключения, но по дороге туда, возникает непредвиденная ситуация. Самолёт Сукре сталкивается с большим количеством трудностей. ТиБэг находит свою давнюю знакомую.

Майкл, Линкольн и Келлерман объединяются для того, чтобы схватить Стэдмена. В семье Махоуни происходит несчастный случай. Беллик дает сдачи, когда один из заключенных пристает к нему. Жене Си-Ноута грозит тюрьма за помощь сбежавшему преступнику. Ти-Бэг решает, во что бы то ни стало, стать с Миссис Холлэндер и ее детьми одной семьей.

Линкольн и Майкл выступают на всю страну. Агент Махоуни в своём штабе пытается это послание расшифровать. Беллик приходит в себя в лазарете, пытается уговорить медсестру оставить его ещё на одну ночь в лазарете и не переводить в общий блок. Сукрэ едет в Икстапу за Мери Круз, но по дороге случаются проблемы, и он вынужден остаться в маленьком городке ночевать. У дедушки, у которого он ночует, он угоняет машину и мчит по шоссе, однако полиция не дремлет и машина с водителем возвращена дедушке. Заявление дедушки, о том, что он сам дал машину Сукрэ, но мол забыл денег на бензин дать ошеломило и полицию, и самого Сукре. Тем временем Махоуни понимает в чём суть самой записи братьев. Единственным человек, который смог ему помочь, оказывается..... Беллик. В это время Линкольн и Майкл достигают своей цели. Агент Келлерман скромно курит в сторонке, как вдруг раздаётся звонок. Хм, кто бы это мог быть? Конечно все уже догадались, звонит ни много, ни мало, президент США. Она просит сдать ей братьев, и по-хорошему забыть обо всём...

Тибег в доме мисс Холландер играет в милого папочку. Чарльз Патошик достраивает свой плот и готовится отплывать в Голландию. Бред Беллик становится офицером FBI(ФБР) и старательно репетирует своё первое предложение: "Офицер Бред Беллик. ФБР" "Специальный агент Бред Беллик" "Бред Беллик. ФБР" естесственно это заслуга Махоуни. Первое задание: Найти Чарльза Патошика. Беллик успешно с ним справляется и Псих оказывается в западне, недалеко от места, где он строил плот. В это время Майкл, Линкольн и Келлерман встречают Сару, и вместе отправляются в Чикаго, где предположительно находится то, что должно быть отперто золотистым ключиком Сары. Однако в это же время мы понимаем, что Келлерман ведёт их в ловушку в Чикаго, ведь туда вместе с братьями просит его приехать Каролина (президент).Си-Ноут вместе со своей дочкой попадают в неприятности, оказавшись в заложниках у бандита.

В офисе Махоуни узнают, что у дочки Си-Ноута проблемы с почками, поэтому и ловить его надо через клиники. Во все ближайшие, к месту последнего появления Си-Ноута, больницы разослали информацию о нём. Вскоре из одной из клиник поступила информация о Си-Ноуте. Агент Махоуни тут же выехал на место. Сара и Майкл засветились в клубе, в котором и есть ячейка, ключ от которой Сара сняла с трупа отца. К несчастью, они вынуждены были оттуда бежать, по причине приезда полиции. Помочь им может лишь 1 человек на свете - Генри Поуп. Сукре едет в Икстапу, но по дороге у него ломается машина. К счастью, он быстро нашёл попутчика, который оказался служителем аэропорта. Си-Ноут бежит из клиники, преследуемый агентом Махоуни. К конце концов, он вскакивает в автобус. Махоуни напоследок кричит, чтобы он не заставлял свою дочку расплачиваться за его грехи. Сукре встречает Мэри Круз, но они вынуждены бежать от охраны аэропорта. ТиБег привозит семью Холландер в свой родной дом. Там его посещают видения из детства. Он вынужден запереть свою "любимую" и детей в погребе, а сам раздумывает над своей жизнью. Майкл делает Поупу предложение, от которого тот не может отказаться, бывший начальник Фокс Ривер помогает достать им из ячейки содержимое, а Майкл в эту тюрьму возвращается. Сара, Майкл и Генри едут в сигарный клуб, а Линкольн и Пол дежурят на ближайшей к этому клубу крыше. Поуп без проблем заходит и берёт содержимое ячейки (флешка с записью разговора Стедмана), однако на выходе из клуба притормаживает машина, из которой выбирается Билл Ким. После короткого разговора, он приглашает Генри сесть в машину. Линкольн и Келлерман срываются с места и бегут вниз, в это время Майкл давит Кима своей машиной. Генри и Линкольн быстро запрыгивают в машину и Сара защёлкивает замок. Майкл уезжает, оставляя Келлермана слушать звук полицейских сирен. ТиБег раскаивается в своих поступках и вызывает службу спасения, чтобы те достали мисс Холландер и её детей из погреба. Генри отпускает Майкла и отдаёт им флешку. Си-Ноут сдаётся Махоуни в обмен на квалифицированное лечение дочери. Взамен он обещает Махоуни достать Скофилда...

В офис Махоуни приходит Беллек, который хочет получить вознаграждение. Махоуни говорит, что вознаграждение будет позже и предлагает ему поймать Сукрэ. Келлерман покупает снайперскую винтовку. Си Ноут оставляет сообщение на форуме europeangoldfinch.net. Линкольн звонит Эл Джею. С ним всё в порядке, он учится в школе под вымышленным именем. Линкольн звонит Джейн, девушке которая присматривает за Эл Джеем, и узнает номер бывшего заместителя генерального прокурора Купера Грина. Он всегда был союзником отца братьев. Братья решают отдать запись ему. Майкл звонит в офис Грина и говорит, что у него есть информация о сыновьях Алдо Бэрроуза. Секретарша соединяет Майкла с человеком Компании, который представляется Купером Грином. Майкл просит ЛжеКупера Грина надеть синий костюм с красным галстуком и встретиться с ним в парке. Сара приходит на могилу отца и встречает Брюса, которого подозревает в убийстве отца. Беллек в Фокс Ривер предлагает двоюродному брату Сукрэ сделку: за информацию о местонахождении Сукрэ Беллек с помощью связей переведет его в исправительную колонию общего режима в Каркаке, где заключеннным можно смотреть ТВ, играть в бильярд. Сукрэ с Мари Круз приезжают к тетушке Сукрэ. Ти Бэг приходит к психотерапевту, очень похожему внешне на него, рассказывает ему историю своей жизни и убивает. ЛжеКупер Грин приходит на встречу в парк. Рядом с ним звонит таксофон. Грин снимает трубку, Линкольн, наблюдающий за ним из окна гостиницы, говорит ему, чтобы он снял пиждак и побежал на другой конец парка к таксофону. Затем Линк просит ЛжеКупера залезть в фонтан и потом зайти в здание. Ким звонит Махоуни и говорит, что знает где братья и Франклин больше им не нужен. Махоуни разговаривает с Си Ноутом, просит воспользоваться тем, что будет лежать в пакете, который принесут в камеру. Если Си Ноут так не сделает, Махоуни испортит жизнь его жене и дочере. Сара и Брюс идут в офис, встречаются с настоящим Купером. Сара понимает, что человек, который сейчас с братьями не Купер Грин и звонит Линку. Линк бежит в помещение, где Майкл ждет ЛжеКупера Грина. Майкл проверяет этого человека и понимает, что это не Купер Грин. Ти Бэг под именем психотерапевта летит в Мексику. К Си Ноуту приходит его жена. Он просит ее говорить дочери каждый день, что любит ее, что она значит для него всё. Махоуни приезжает в парк, опрашивает ЛжеКупера, определяет место, откуда следил за всем Линк. Купер Грин изучает запись и говорит, что это копия и точную дату установить нельзя. С точки зрения закона эта запись бесполезна. Махоуни приходит в гостиницу и узнает у секретаря номер, в котором зарегистрировались братья. В пакете, который принесли Си Ноуту, оказывается веревка с петлей. Братья решают с помощью этой записи шанжировать президента Рейнольдс, т.к. в записи содержится доказательство вины Рейнольдс. Си Ноут встает на кровать, надевает петлю на шею и делает шаг вперед.

Махоуни вычисляет в каком отеле находятся браться с Сарой и практически хватает Сару, но той удается ускользнуть. Махоуни отправляет своих людей за ней следом. Ти-Бэг пытается вытащить из багажного отделения в аэропорту рюкзак с пятью миллионами. Тем временем в аэропорт по приказу Махоуни приезжает Беллик. Си-Ноут договаривается с ФБР и даёт показания против Махоуни в обмен на свою свободу. Линкольн через своего старого друга достаёт для них с Майклом билеты на грузовое судно до Панамы. Майкл даёт поймать себя людям президента и идёт с ней на переговоры. Перед этим его сильно избивает Ким. К Сукре с Марикруз в дом в Мексике приезжает Беллик и пока Сукре выходит из дома, Беллик прячет Марикруз в неизвестном месте, а затем хватает самого Сукре. Сукре сообщает Беллику о том, что он видел по телевизору репортаж про нападение Ти-Бэга в аэропорту и о том, что именно у Ти-Бэга находятся рюкзак с пятью миллионами. Беллик под угрозой расправы над Марикруз заставляет Сукре отправится с ним на поиски Ти-Бэга. Избитый Майкл сидит в наручниках перед Рейнольдс, в то время как Линкольн по телефону прокручивает ей запись с полученной ими флешки. Прослушав запись, Рейнольдс идёт на соглашение и обещает дать официальное помилование Линкольну, если братья не обнародуют запись. Майкла отпускают, а Рейнольдс получает угрозу от Компании, которая запрещает ей выносить помилование Линкольну. Оказавшись в трудной ситуации, Кэролайн принимает неординарное решение.

В аэропорту Мексики Ти-Бэг замечает преследующих его Сукре и Беллика. Ти-Бэгу удается ускользнуть, но его ловит полиция и по приказу Компании Ти-Бэг отправляется в Панаму. Сукре и Беллик следуют за ним. Майкл и Линкольн собираются уплыть на грузовом судне в Панаму. Сара направляется к ним, но замечает слежку, и, не желая ставить под удар братьев, остается на пристани и сдаётся в руки Махоуни. Майкл и Линкольн уплывают без неё. Махоуни пытается вычислить значение словосочетания Кристина Роуз на татуировке Майкла, которое подскажет ему, куда именно братья направляются в Панаму. Но Си-Ноут уже даёт показания против него и статус Махоуни в ФБР рушится. Ким предлагает Махоуни последний вариант спасения его карьеры и жизни – отправится в Панаму на поиски братьев и вовлечь их в новый план Компании, который на этот раз вовсе не предполагает убийство Берроуза и Скофилда. Махоуни разгадывает значение словосочетания Кристина Роуз и улетает в Панаму. Но перед этим он через сайт, зная способ связи с Майклом от Си-Ноута, связывается со Скофилдом и притворяясь Сукре, заставляет Майкла приехать в отель в столице Панамы, в котором уже поселился Ти-Бэг. Майкл поддаётся на уловку и оставляя Линкольна одного, бросается стремглав в отель с целью поймать Ти-Бэга и отдать его в руки властям и таким образом хотя бы частично очистить свою совесть.

На балконе отеля, наводку на который он получил через сайт от Махоуни, прикинувшимся Сукре, Майкл видит Ти-Бэга. Но тут перед отелем Скофилд внезапно сталкивается с Белликом и Сукре, а так же замечает окружающих отель агентов. Майкл понимает, что его заманивают в какую-то ловушку. Однако, желание сдать Ти-Бэга властям сильнее инстинкта самосохранения и Майкл вместе с Сукре и Белликом выманивают Ти-Бэга из отеля и идут за ним по улице. За углом прячется Махоуни, но когда он собирается присоединится к преследованию Ти-Бэга, Майкла, Сукре и Беллика, на него внезапно набрасывается появившийся Линкольн. Они дерутся и Махоуни одерживает верх. Он приковывает наручниками Линкольна к трубе. Тем временем в США Пол Келлерман пытается совершить самоубийство, но пистолет даёт осечку. Над Сарой Танкреди продолжается суд. Сару обвиняют в помощи организации побега заключенных из Фокс Ривер. Если она признает свою вину, ей предстоит просидеть в тюрьме 12 лет. Ти-Бэг заманивает Бэллика, Сукре и Майкла в запертую комнату с трупом проститки, которую он убил по приказу Компании, и спустя пару минут за окнами раздаётся вой полицейской сирены. Ти-Бэг сбегает, Майкл и Сукре отправляются за ним. Беллика ловит полиция, обвиняет в убийстве девушки и отправляет в тюрьму. Майклу и Сукре удаётся поймать Ти-Бэга, но по дороге в машине, Ти-Бэг втыкает в Сукре отвертку и автомобиль переворачивается. Сукре увозит Скорая помощь, а Майкл убегает в лес по следу Ти-Бэга. В лесу в заброшенном доме между Майклом и Ти-Бэгом происходит схватка, Майкл удаётся победить и он убегает вместе с пятью миллионами в рюкзаке. Ти-Бэга хватает полиция. В деле Сары Танкреди происходит неожиданный поворот – в зал суда приходит Пол Келлерман и даёт показания, полностью оправдывающие как Сару, так и Линкольна. Майклу звонит Махоуни и требует 5 миллионов в обмен на Линкольна. Майклу предстоит принять непростое решение.

Благодаря показаниям Келлермана, с Сары и Линкольна сняты все обвинения. Отныне Линкольн свободный человек, никогда не нарушавший закон. Майкл в Панаме придумывает план и подставляет Махоуни, тот отправляется в тюрьму. Майкл выручает Линкольна из плена Махоуни, но по их следу отправляется Ким, уже приехавший лично в Панаму. Сукре сбегает из больницы, чтобы найти Беллика и узнать куда тот дел Марикруз. Но по дороге он теряет сознание и остаётся лежать на асфальте, истекая кровью. Майкл и Линкольн встречаются с прибывшей в Панаму Сарой и втроём вместе с пятью миллионами собираются уплыть подальше. Но в этот момент появляется Ким и рушит казавшийся таким возможным хэппи-энд всей истории. Сара застреливает Кима, рюкзак с пятью миллионами тонет в воде, со всех сторон слышится вой полицейских сирен. Линкольну удается бежать, а по следу Сары и Майкла отправляется полиция. Не имея другого выхода из ситуации, Майкл берет вину Сары на себя и отправляется в тюрьму. Линкольн приходит в полицейский участок и пытается найти Сару, но теряет её из виду на улице. За Сарой же отправляется по следу некий человек в черном. Майкла и Махоуни привозят в самую страшную тюрьму Панамы под названием Сона. Майкл идёт по коридорам жуткой Соны и видит на полу избитого до полусмерти Беллика. Тем временем в исследовательском центре штата Нью-Йорк представители Компании во врачебных халатах ведут разговор на тему того, что побег Майкла из Соны – это как раз то, что им и требуется. Майкл же шагает по полутемному помещению и уже начинает строить новый план побега из тюрьмы…